Проблемка в Виндуз. Она очень простая: fwrite в текстовый файл Виндуз автоматически добавляет код 0d перед каждым кодом 0a. Получается, что из Виндуз bk-obj2bin использовать нельзя. Собираюсь обновить сайт и убрать оттуда сборку для Виндуз. Решить проблемку не сложно - надо лишь не использовать стандартные потоки, а открывать файлы в бинарном режиме и не использовать перенаправлений при вызове. Это то, что вы сделали для удаления 4-х байт, добавив argv, fopen, fclose, ... Сам под Виндуз почти ничего не запускаю и могу только удивляться как далекие от офисного планктона могут.
Учитывая, что решение предложено, ничего по изменению кода делать не буду. Код под GNU - каждый может взять и подправить.
Жаль, что эмулятор консоли RT-11 без исходников.