"Деззассембляция" кода HDL называется декомпозицией, рабочего решения нет. Хотя в принципе можно разгадать что где хранится и создать декомпозитор под Altera, но это сложно и долго по времени.
А вообще наверное можно ухитрится запихнуть код 7000 в 3000 если незаюзаны пины отведенные под питание ядра, архитектура в семействах по идее должна быть близка, но по простому увы тоже нет.

Просто из-за чего собственно возник вопрос: для SMUC2 существуют прошивки для 3032, 3064, 7032, 7064, но схему я встречал только с 3064, вот и подумалось, что они практически совместимы.

Практически да, ибо ревирс-инженеринг:) содержимое оригинального SMUC воссоздали, отладили, пересоздали. Но на уровне пинов и тем более содержимого чипа идентичности нет.