Девайс EPF6016TC144-3. Проблема не только на этой ноге - я ее просто привел в пример. К тому же, если брать именно эту ногу, то это обычный I/O, во всяком случае, если верить даташиту :)
Возможно, я зря ломаю голову, но все же хотел бы понять причину. Флекс работает и без указания RESERVED, но я подумал, что лучше указывать для выхода Driving VCC

Вероятнее всего.
В переводе сообщение выглядит так:
"Не возможно резервировать вывод " RAM_DATA [4] " потому что это имя уже существует."
Тоесть pin уже назначен для сигнала RAM_DATA[4], как же его можно резервировать.
Предполагаю, что это поле предназначено для указания FITTERу, что данный пин зарезервирован, тоесть выводить на него сигналы нельзя.
То что у тебя в проекте для DE1 это поле игнорируется, вероятно зависит от глобальных установок в проекте.

Да, я видел в Assignment editor-е появляются дубли пинов. Попробую покопаться в настройках проекта - интересно все же...

Reserved не надо указывать для пинов использующихся в проекте. Это указывается только для неиспользуемых.

Вопрос для Caro. Скажите, пожайлуста, подключали ли вы fpga как внешнюю память для AVR? Я взял ATmega128 и к ней подключил CycloneIII как внешнюю память, на данный момент атмегой читается только одна ячейка, больше одной ячейки не читается.

Что-то мне не приходило в голову использовать блоки памяти FPGA в качестве внешней памяти для микрооконтроллеров.
Встречный вопрос, а по какому интерфейсу подключен AVR к FPGA?

FPGA подключена к AVR так же как внешняя ОЗУ, мультиплексированная шина адреса и данных, шина управления.

Тогда следующий вопрос, а что загружается в FPGA для того, что бы она могла работать как внешняя память?

Написана программа. Программа по сигналу ALE демультиплексирует 16-ти разрядный адрес и по сигналам RD и WR либо читает данные от AVR либо пишет данные в AVR

Не видя исходника, на первоночально заданный тобой вопрос ответить не возможно.