А почему бы не вынести сам коммандер на флешку или SD. Тогда не придется перепрошивать ПЗУ, при обновлении. А в ПЗУ будет лишь загрузчик.

Еще бы я предложил сделать в этом ПЗУ несколько стандартных точек входа. Типа загрузка файла в память, загрузка содержимого каталога в память.

Тогда бы можно было менять аппаратную часть при неизменном коммандере.