Попробую объяснить так. Взять какой-нибудь клон, например, PENTAGON-128. Мысленно перенести детали контроллера дисковода на отдельную плату контроллера. Музыкальный процессор - на другую плату. Порты клавиатуры и джойстика - на третью. Память и видеоконтроллер - на четвертую. А то, что останется - на пятую плату, плату процессора.

Если теперь сделать эти пять плат и установить в материнскую плату с ZX-BUS2, то получится PENTAGON-128 в другом конструктиве. Программы, соответственно, будут работать те, что работали на PENTAGON-128.

Также, наверно, можно разделить на контроллеры и другие клоны. Потом можно из всех контроллеров выбрать наиболее удачные и собрать новый клон.

То есть софт должен быть совместим с контроллерами, которые установлены. Если появятся ПОТОМ новые контроллеры, то нужно будет писать новые программы, как если бы этот контроллер установили в любой другой клон.