Односторонняя плата это очень плохо с точки зрения помех на таких частотах. А про 25 MHz это просто у тебя внутренний генератор не должен заводится сам от кварца устойчиво. Почему не поставить генератор 25 MHz на плату? Есть же миниатюрные и какие хочешь, на любые напряжения питания. Еще вариант уйти на AVR® XMEGA, там более высокочастотное ядро.