при переписывании файлы как раз дефрагмнтируются. потому что пишется пофайлово, а файлы пишутся целиком.
правда есть еще чисто амижная штука - оптимизация. это когда файлы необходимые для загрузки ворберча и то, что вызывается из стартапа располагается на диске последовательно, что бы ускорить чтение.
с другой стороны многие юзают вместо винтов CF, а там сик мизерный и все равно где файлы лежат и на сколько фрагментированы.