Все остальные программы не устанавливают глобальный хук клавиатуры и не позволяют своим окнам индивидуально управлять разрешением/запрещением передачи кодов системных клавиш в Windows.
Авторы Windows 8 решили эмулировать клик по кнопке [Start] через фейковое нажатие клавиши <Win>, но при этом забыли, что при клике за пределами окна надо сначала забрать у окна фокус и только потом выполнить фейковое нажатие.
Потому и получается, что в полном соответствии с логикой работы модульного API эмулятора - установленный окном терминала запрет на передачу кодов системных клавиш в Windows продолжает действовать и фейковое нажатие не проходит.