SD-карту проще подключить (там внутри контроллер, который выполняет всю работу), она надежнее, доступнее, компактнее, практичнее.
Вторым этапом можно попробовать дисковод подключить. Это сложнее, так как придется работать с дисководом напрямую, без контроллера. Но вроде бы в Радио86РК, Apple II, Агат это сделали без проблем. Почитаю и сделаю так же. Возможно уже решения для микроконтроллера есть.