Ощутимая разница может быть.
Одно дело, когда внутри fpga эмулируется аппаратные чипы, с соотвествующей скоростью, задержками, глюками и т.п. - тогда этот FPGA клон будет равнозначен реальной машине (в ключе амижных эмулей это было проект Natami, который пока заброшен).
А есть вариант, когда внутри FPGA запихан практически софтовый эмулятор машины, несовпадающий по скорости с оригиналом, имеющий свои фичи и "улучшения" (среди амижных - это minimig), которых хоть и запускает немало родного софта, но работает как эмуль, чтение с дисковода со скоростью чтения из памяти, работа с образами дискет, собственное меню поверх экрана амиги и т.п.