Нашел таки источник проблем. Проблема стара как мир - несоответствие документации и железа, а именно - в ПК сигнал RESET на разъемы не выведен, хотя во всех книжках он указан как существующий. Как итог, при работе плат в линию постоянно шли наводки. Причем на разных платах по разному. На моей основной импульсы достаточно скоротечные и ВВ55 просто не успевала на них среагировать. На другой в основном тоже, но пару раз удалось засечь более длительные импульсы, из-за которых ВВ55 произвела сброс и, как следствие, загрузчик не подключил часть дисков. Насколько я понял, величина и частота наводок зависят как от шлейфа, которым плата подключается к ПК, так и от самой платы (видимо микрухи фонят по разному). Это не считая того, что при старте в регистрах ВВ55 творится разброд и шатание, каждый порт сам за себя.
В принципе проблему можно решить несколькими путями:
1. Перерезать дорожку /RESET у ВВ55 (35-я ножка) и подпаять на нее проводок к земле. Это можно сделать внутри панельки, получится аккуратно и незаметно. Либо сделать похожую операцию у ЛА3, но там будет видно. Недостаток очевиден - полное отсутствие сброса микросхемы.
2. Похожая, но изменения нужно вносить внутри ПК. Пины 15 разъемов расширения свободны и на них можно завести +5В, благо шина прямо у разъемов. Вариант более предпочтителен, поскольку линия RESET используется не только в данном контроллере, но и к примеру в AY-контроллере. Так хоть гарантия, что не будет непредвиденных сбросов.
3. В самом ПК сигнал RESET присутствует и появляется на короткое время при включении и перезагрузке. Его генерирует ТМ2 (DD5), и обеспечивает сброс процессора и двух ВВ55, отвечающих за порты ввода/вывода. Только он нам не подойдет, поскольку на разъемы, по документации, должен поступать инвертированный сигнал (т.е. активный низкий уровень). Этот сигнал можно снять с ножек 9 и 1, все той же ТМ2. На фото стрелками отмечена сама ТМ2 и ножки RESET на разъемах (они были вообще пустыми):

После переделок гонял нещадно несколько дней, в том числе с подключением двух винтов сразу. Глюков не замечено.

На всякий пожарный сделал новую прошивку - 1.4. В ней работа с портами HDD ведется строго по стандарту, точно так же как в писюках. В остальном отличий от 1.3 нет и если та работает нормально, то и заморачиваться не стоит.