Графический редактор - GIMP.
Тактирование Z80 останавливать можно, но только при #CLK=1, в нуле его долго держать нельзя, предел длительности #CLK=0 указан в документации. В схеме много транзисторов, затвор которых подключается через ещё один транзистор, который управляется #CLK. То есть при #CLK=0 затворы отключаются от схемы и всё работает только за счёт ёмкости затворов. Похожая ситуация с недокументированными битами регистра флагов (F3 и F5), при формировании флагов для записи в регистр эти разряды внутренней шины остаются без управления, поэтому что в ёмкости проводника осталось с предыдущего такта (аккумулятор, результат арифметической операции, часть адреса и т.п.), то в эти разряды и запишется.