У меня такое происходило с 40 Гб сигейтом - fdisk'ом на Поиске создаю разделы, все ок, никаких ошибок, просит ребута - ребутаю - разделов нет. Долго не разбирался в проблеме, а просто заюзал 1,2Gb хард - более чем для Поиска.
Дело скорее всего в версии XT-IDE BIOS, можно попробовать взять и собрать самую последнюю. Подчеркну, что нужно именно самому компилить, ибо то что уже в бинарях на сайте v2.0.0beta3 - совсем далеко не последняя.
Алсо, "Supports drives with any capacity (MS-DOS 7.x (Windows 9x) or FreeDOS is required to access more than 8.4 GB)", то есть для дисков больше 8.4Gb нужна MS-DOS не ниже v7. А v7 от винды95 насколько я знаю на Поиске не заводится (виснет при загрузке).