В этом плане я полностью доверяю тебе, у тебя опыта больше
Вот в этом смысла нет. МК сам прекрасно видит, что ему воткнули, клаву или мышку. В соответствии с этим можно будет и логику "симуляции" менять, джампер для этого не нужен.
А как будет работать UART? И зачем оно?
В общем... насчет GPIO для подключения дочки с CPLD - согласен. Это дело придумаем и подключим.
Все остальные интерфейсы, кроме PS/2 - выхода, считаю излишним.
Прошивание контроллера делаем или девбординами с STM32, или более бюджетно - на алиэкспресс, ебее или еще где находится ST-LINK V2. Он стоил еще недавно 100 рублей, сейчас - подороже. Возможно, получится обновлять прошивку через UART, у многих СТМ такая фича присутствует.