>и на выходе у него битовый поток, каждый бит равной фиксированной длины.
В корне не понимаете. ФАПЧ в сепараторе играет длиной окна (периодом SEPCLK).
Некоторые реализации выдают бит в SEPD (наличие или отсутствие импульса в нужный момент) строго с определённым зазором до фронта SEPCLK. Некоторые нет.
То есть если у нас бит "плавает" внутри своего окна с определённым зазором до границ окна - никто (и ФАПЧ) даже не парятся.
Соответсвенно никакой фиксированной длины бита нет, что верно как для размера окна, так и для интервала между импульсами при единичных битах (например, в 101001 интервал между первыми двумя импульсами не факт что будет строго в полтора раза меньше чем между 2 и 3, даже после сепаратора). И длина бита (размер окна) для каждого из этих пяти бит может быть как равной, так и заметно не равной.
Причем корректировка ФАПЧем (в сепараторе) длины окна чуть ли не под +-30%. Какая тут фиксированная длина чего-либо.