Методика есть. Называется осциллограф и ассемблер. Машина то заработала, значит можно программировать. Для начала проверьте запись и чтение с регистров.
Жесткий диск подключать пока не надо.
и что же там не так?
- - - Добавлено - - -
Если с программированием туго, я могу тестер IDE контроллера написать. Голосуйте.