Недавно тоже озадачился этим вопросом. Блокироваться должны только те порты, которые конфликтуют с переферией, т.е. #1F, #7F, #FF и аналогичные, так же опрос клавиатуры #FE. #7FFD и другие #BFFD, #FFFD, #DFFD..... не должны блокироваться иначе TR-DOS не сможет работать с рамдиском и глушить AY ну и т.д.