Хм, тогда все правильно вроде.
Как бы я поступил в поиске неисправности:
1) вытащил бы тиньку
2) подцепился бы по i2c к какой-нибудь ардуине и проверил, работает ли DS1307
3) если все ок - тогда вставил бы тиньку на место, отпаял бы эти 2 резистора по 68 ом и подцепил бы D+, D- тиньки к компу через USB, чтобы проверить, что этот узел работает. Там вроде на странице проекта написано, что под linux'ом должно из коробки заводиться, а под винду - какой-то драйвер надо поставить.
4) если все ок и узел работает - тогда бы уже гуглил форумы Mist'а по поводу багов или похожих проблем
Ну или в обратном порядке, кому как больше нравится )