Осциллографом проверьте все линии данных канала IDE ( 16 шт .) - при переворачивании флеш-карты какие-то разряды ИС на контроллере могли пригореть.
ИС буферов с подозрением на пробой лучше сменить.
*
Или опубликуйте дамп загруженного 0 сектора, адреса 000000....000100 ( 8 ) - по внешнему виду восьмеричных слов можно будет предположить неисправность линий данных флешки/IDE .
Гуру УКНЦ могут меня поправить в отношении адреса начальной загрузки 0 сектора тома IDE/флешки.