Там нужно создавать iS-DOS-раздел на пустом месте винта. Т.е. в начале винта делаем пустое место (не размеченная область, Акроникс Диск Директор) не более 2ГБ. Вот там утилитами для НЕМО-ИДЕ из-под iS-DOSа и создаём необходимое количество разделов (не более 8ми вроде) размером на 16МБ. Т.е. пустое место в начале винта можно сделать 16МБ х 8 = 128МБ (можно чуть больше). В начале винта удобно, т.к. проще считать дорожки. Но при создании iS-DOS-раздела нужно отступить 1-2 дорожки от самого начала, что бы не убить информацию о FAT-разделах. Основную разметку винта делаем из-под винды с помощью АДД. Сперва не размеченная область 128...200МБ, потом активный раздел FAT32.
Основная проблема тут - создать iS-DOS-раздел в не размеченной области и не прибить данные о FAT. Ну и не заползти разметкой iS-DOS на начало FAT-раздела. Это всё по личному опыту. Последний раз я этим занимался 3.5 года тому назад для SMUCа и 8.5 лет тому назад для НЕМО-ИДЕ. Есть хорошая статья, но я ей не пользовался. И ещё раз прошу - переноси обсуждение в форум, если будут вопросы и проблемы - есть люди, которые знают больше по этому вопросу.