1) а зачем его шить? должна (в 99.9% случаев) работать заводская АТ-прошивка из коробки
2) для плат до ревизии D, если уже есть необходимость прошить(перешить) модуль - то да, лучше это делать снаружи через внешний UART-TTL модуль. но есть и обходной путь - пролить в FPGA прошивку, которая RX/TX пины пробросит на хедер циклона, и туда уже подключать UART-TTL, предварительно перевести модуль в flash режим проводком прямо на пинах ESP8266.
3) для плат после ревизии D все пины модуля выведены на гребенку рядом, чтоб можно было легко доступиться к его ногам без пайки. но для того, чтобы что-то пролить в него, нужно чтобы FPGA как минимум не мешалась на его RX/TX/CTS пинах.