Функционал TR-DOS

[Grand]

5. Из оставшихся от удалённого файла секоторов создаём "новый" удалённый файл и корректируем каталог, записывая в него новый файл и новый удалённый файлы.

Именно такой алгоритм.
Я бы добавил ещё в последний пункт, что
имя "нового" удалённого файла надо делать какое-нибудь "отвлеченное": что-то вроде "unused" (с первым символом #01, естественно), чтобы у пользователя не было искушения попытаться его восстановить.

А то, судя твоей логике, надо исключить из функционала команду Move

Ну, совсем от MOVE не избавиться (мой опыт работы в RT-11 свидетельствует (там эта команда называется SQUEEZE)), а вот, что применять ее придется уже не часто, - это факт.

[Sonic]

Не уверен, что кто-то ею пользуется... Хотя, безусловно, скидывать её со счетов нельзя.

Ей не пользуются потому что она до безобразия медленная ибо использует в качестве буфера только рабочую область бейсика, которая резервируется по MAKE_BC_SPACES (кажется это какой-то RST, не помню). Соответственно буфер получается крохотного размера. Вот если бы эта штука умела использовать верхнюю память, да еще и алгоритм оптимизировать...
А что касается ее наличия как таковой - Commander'ы это хорошо, но командная строка должна быть. Вдруг нету Commander'а...
И еще бы к ней индикатор прогресса добавить, как у форматирования в 5.04T. Сразу менее скучно становится.

[Grand]

При нарушении условия непрерывности дискового пространства в результате такого MOVE получим кашу. Также можно получить неубирающуюся "дырку" на диске, ...

Всё нужно учесть. Если каталог будет правильно скорректирован (пункт 5 в алгоритме CityAceE), то и проблем никаких не будет.