Тогда всё правильно и по инструкции (галка снята для всех слоев)!
-------------
Меня ещё смущает контур плат. По-моему его можно уменьшить: на плате компа до "уголков", которые около крепежных отверстий, а на плате BDI до контура, который там очерчен прямоугольником.
Но это на Ваше усмотрение и тех, кто заказал платы.