Очевидно что две видюхи и что-то с драйверами не то. Как так вообще сразу и Nvidia и ATI, так разве бывает? Знаю Intel с Nvidia, с интелом в качестве основной, и приходилось хитрые драйвера ставить чтобы оно корректно работало. Полагаю тут тоже нужно где-то в драйверах настраивать с какой видюхой приложение должно запускаться.