Шить через обычный USB-Blaster (JTAG). Вкратце готовится прошивка с загрузчиком EPCS16 из ПЛИС + сама прошивка для ПЛИС. Сборка прошивки проделывается в Quartus II, несколькими кликами. Подробности можете найти в интернете. Лень искать, да и вам полезней будет