P.P.S. Кажется разгадал причину сбоев. Решил в наушниках послушать звук, чтобы понять, что там в начале происходит, услышать, например, стандартный звук виндовса при запуске приложения, когда я тапку кидаю. Звука не услышал, но услышал, что первый пилот прерывается по середине там, где обычно глюк происходит, после чего все сбивается. В этот момент комп что-то там с винчестером заморачивается и просто происходит тормоз, как например в винампе бывает, нажмешь какое-нибудь приложение, он и тормозит на миллисекунду, тут этого хватает.
Может буфер сделать побольше или еще чего. То есть нужно обеспечить высокий приоритет программе, как по вычислительному ресурсу, так и по воспроизведению звука, чтобы звуки других приложений не глушили.