Можно попробовать эмулировать плавающие биты с помощью костылей - нужно только знать какие биты были плавающие, что проще всего отловить многократным чтением с условиями как в схеме ZX-Next, если это невозможно в принципе, тогда анализатором на ША ШД работающего экземпляра.
Сигнал A11 можно брать не с генератора, а сделать его синхронным, (квазиснхронным) с тактированием процессора, чтобы во время цикла чтения сигнал не изменялся. например при помощи триггера, защелкивающегося в состояние генератора "случайных чисел" синхронно с тактовой частотой.
Программная часть защиты с ПБ мне видится такой, в нескольких местах программы можно было сделать условные или безусловные переходы, JR, или CALL по адресам которые меняются в зависимости от состоянии ПБ, по этим адресам находятся подпрограммы устанавливающие некие "флаги подлинности" и, если все флаги собраны - то прошивка считается подлинной.