То, что сбивается синхронизация - это факт. И то, что не все материнки нормально отрабатывают момент формирования сигнала синхронизации - в самую точку (вернее, связка CLK-ATN), но, на сколько я понял, на 486 то-же не все гладко. Или, все-таки, 486-я нормально работает и с 64hdd, и c 1541EMU ? И не все гладко и с магнитофоном?
И совет, Х1541 лучше заменить на ХЕ1541 - и скорость возрастет, и читаться будет по-надежней...
Поэтому, все-таки стоит проверить Ваш С64 с нормальным приводом. Как он себя поведет.
Может еще придется и емкости кое-где в С64 поменять.