"Деззассембляция" кода HDL называется декомпозицией, рабочего решения нет. Хотя в принципе можно разгадать что где хранится и создать декомпозитор под Altera, но это сложно и долго по времени.
А вообще наверное можно ухитрится запихнуть код 7000 в 3000 если незаюзаны пины отведенные под питание ядра, архитектура в семействах по идее должна быть близка, но по простому увы тоже нет.