Почитал я еще раз документацию. Повнимательнее. Нашел вот что:
У программы ./mfm_emu есть ключи запуска. Один из которых drive. Так вот, возможно стоит попробовать при начальном создании (ключ запуска --initialize) сразу указывать 2 диска.
Вот что автор пишет по этому поводу:
--drive -d #[,#]
Drive number to emulate. For revision B boards specify 0 or 1 or 1,2. Use 0 for drive to always be selected (radial select). 1 and 2 select the first and second jumper block to use for drive select. One or two drive numbers may be specified to emulate one or two drives. Only one may be specified if drive number is 0. For revision A boards specify the drive number to emulate 1-4.
Номер диска для эмуляции. Для плат версии В укажите 0 или 1 или 1,2. Используйте 0 для постоянного выбора диска (радиальный выбор). 1 и 2 выбирают первый и второй блок перемычек для выбора диска. Один или два номера дисков могут быть указаны для эмуляции одного или двух дисков. Только один может быть указан, если номер диска равен 0.