Что значит виртуальные? Те программы, которые поддерживают данную систему увидят структуру каталогов, а для всего остального (стандартного) ПО система каталогов прозрачна. Стандартный софт видит все файлы, как и раньше, в корне, а каталоги вообще никак не видны, ни в виде файлов, ни как иначе - для обычных программ каталоги попросту не существуют.