Нет, ничего особого делать не надо.
Создаешь мегавизардом altpll. Желательно использовать выход locked, да и то не обязательно. Вход компонента altpll назначаешь на пин входящего клока, выходы разводишь по потребителям. Всё. Ничего там хитромудрого. Может ты вход компонента неправильно назначил? Там же должен быть специально назначенный вход clk0.

