Arseny, если я правильно помню и понимаю, то добраться до исходной прошивки Gotek-а нельзя - она защищена (при заливки можно поставить флажок). Всё, что может сделать заливщик - всё стереть.
Я видел в продаже Gotek-и (не спрашивайте модель - это было больше года назад - просто не помню), где уже был распаян разъём для прошивки через COM порт. У меня его не было - я распаял разъём, купил шнурок USB-COM порт из разряда продвинутых (FTDI TTL-232R - они бывают на 3.3в и на 5в, несмотря на то, что Gotek может использовать и 5в, с моей точки зрения лучше 3.3в). Кроме того, эти шнурки могут быть с уже сделанным разъёмом - тогда надо проверять, так ли расположены контакты. В моём случае он был без разъёма, я распаял его так, как надо.
Это один вариант.
Второй вариант - вроде бы это всё дело можно прошить по usb:
http://www.binarydevotion.com/?p=228
но в это случае нужен кабель USB A - USB A (вот даже не помню, видел ли я такой готовый или есть ли среди множества моих такой) - в принципе - сделать несложно, но.. Кроме того, опять же нужно задействовать технологические контакты или разъём (распаянный) на плате - в статье показано, что с чем соединять.
Так что совсем простым путём сменить прошивку вроде как не получается - паяльник сильно поможет этому делу..
- - - Добавлено - - -
После того, как первый раз правильная прошивка залита - можно обойтись другими телодвижениями, но тут требуется определённая последовательность действий (автор прошивки описывает её) и, насколько я понимаю, при несоблюдении технологии - та-да-да-дам - возвращаемся к исходному варианту - через переходник или USB
- - - Добавлено - - -
Так как я купил-доделал себе шнурок и на оба Gotek-а распаял разъём - то хорошо знаю один способ и не пробовал два других... :)

