Может, писали разные люди без вникания что и как, или копипаста из своего другого проекта, и сроки горят.
- - - Добавлено - - -
Скорей всего, тут без дизасма и последующей сборки с новыми адресами, ничего не придумать.
Сборку можно делать либо через ассемблер, либо при помощи патчей всех адресов, которые прописаны жёстко (CALL, JP, адреса таблиц). К сожалению, оба варианта будут заточены под конкретную версию кода, и уж никак не будут работать мультиплатформно.
А редактор опенсорсный, или?

