Если нужно просто надежный копировщик без изысков, то посмотри тут:
http://simonowen.com/fdrawcmd/
Там есть исходник копировщика с секторами 512к, но методом изменения 2-х констант (ну и перекомпиляции само собой) легко получить любой копировщик. Я для Орионовского формата (5х1024) такой сделал за вечер (там еще по мелочи доделывал, по орионовской специфике). Исходный пример уже умеет читать/писать образы и форматировать диски.
На реале проверял - работает в обе стороны (проверял на 3.5" - у меня в реале такой стоит).