Так и должно быть, потому что в config.v прописано `timescale 1ns/100ps, странно что раньше по-другому было (у меня было и осталось 100ps).
Для решения проблемы можно или исправить config.v или не удалять файл modelsim.ini (там есть Resolution=). Может быть там с этиv файлом какие-то проблемы - нет прав доступа или чего еще.
А насчет 500ns непонятно, там все значения в ns указываются, и они единичные, странно что оно дает 500ns поставить и симулируется.
Update: run.do необязательно каждый раз для Async выполнять.
Можно сделать так:
- остановить симуляцию (если еще не остановлена) - Simulation/Break
[- заменить файл прошивки test.mem, если нужно]
[- отредактировать файлы .v если нужно]
[- перекомпилировать измененные .v, если таковые есть]
- перестартовать симуляцию - Simulation/Restart + OK
- запустить симуляцию заново - Simulation/Run All

