Ну вообще больше похоже что это разные разъемы вообще, первый для Атмеги, второй для ПЛИС (по-крайней мере у Xilinx такое обозначение программных пинов).
Прошиваются они через одни каналы, просто у разных корпусов может отличаться расположение и номер пина, на котором висят нужные сигналы.