Я тебе формат пути к файлам расписал чтоб найти можно было
это я так, понтонулся типа.

gcc умеет генерить дерево зависимостей для его использования через make
какой оригинальный метод
а если генерить депенденси gcc, а компилить студией?
(кстати, вот ещё один момент, который бы взял на себя cmake )