EvgenRU, у меня на пал-кодере, собранном на CXA1645 проблемы с генератором были из-за применения кварца в "высоком" корпусе HC-49. После советов на форуме и замены на кварц в "низком" корпусе HC-49U проблема исчезла.

И похожие проблемы с синхронизацией по-моему и у меня наблюдались в самом начале и, если не ошибаюсь, были связаны с недостатком питания на микросхеме кодера. Проверьте, не занижено ли питание на CXA2075.