Есть у меня сомнения по поводу того, что Quatrus "оптимизирует" что-то и выкидывает нужное из кода.
Я настройки не менял особо там - только неиспользуемые пины в 3ее состояние перевел и на TTL уровни.
Ну чтоб это не превращалось в гадание, предлагаю файлы проекта всем совместно глянуть, может свежим взглядом что-то увидим