Через мегафунукцию Serial Flash Loader, ставиш галку предоставить ASMI интерфейс, и ты фактически подключился к ногам конфигуратора. Дальше протокол работы с ним описан в большой библии по конфигурированию FPGA. Если будет интересно можно будет над этой темой повоевать...