До таймера у меня все как то руки недоходят, но вот в голове мысли крутятся, и я чесно говоря непонял, в режиме 3 счетчик декркментируется сразу на 2 за один такт? именно с этим связаны все эти шаманства для этого режима?
Примерно так, да. Шаманства связаны еще отчасти с тем, что в случае загрузки нечетного значения, первый отсчет будет по очереди то -1, то -3.