не понял, при чем тут кикстарт.
дескриптор файловой системы записывается в rdb диска. если там есть ffs, то амига увидит файлы на разделах сформатированных ffs. Если версия подходящая - увидит все фишки данной системы.
Просто форматил диск из WinUAE из-под Aos 3.9. Ставил кэшинг, перенёс файлы, поставил винт на реал: он его видит, но после опознавания просто начинает ждать дискетку, при этом на экране картинка с дискеткой не появляется...