90% что виновата разбивка, а не файловая система. winuae и реальная амига по разному разбивают диски, потому что в кикстарте старый scsi.device который не видит больших винтов правильно.
я бы посоветовал сначала на винте сделать несколько небольших разделов, в районе 100-200 мегабайт. и поставить в первый ось. если 600-ка то ставить надо 2.xx. Потом уже грузиться из нее и доразбивать остальной диск с реальной машины.

---------- Post added at 17:31 ---------- Previous post was at 17:27 ----------

да, я вспомнил, я всю разбивку делал на winuae, в конфигурации 1200, загрузившись с дискетки aos3.1_install. Делал мелкие разделы, потом ставил конфигурацию 600, и с эмулей дискет ставил 2.xx ось.