При включении компа при наличии двух устройств (MASTER и SLAVE) светодиод активности ОБЯЗАН загораться и гореть как минимум 1.5 сек. Это связано с тем, что этот провод помимо индикации активности используется и для подачи сигнала SLAVE PRESENT. Любой IDE-девайс в режиме SLAVE обязан активизировать эту линию на некоторое время при старте. Мастер по этому сигналу видит, что на шине есть слейв. Если мастер не знает о наличии слейва - будут конфликты на шине (испытал на Амиге, когда у меня было два винта, один стационарный, другой в мобилреке, и я решил разрезать 40 провод дабы индикатор активности на реке был свой, а на корпусе - свой, ну и обрел грабли с доступом, ошибками, и т. д.).
Также стоит обратить внимание на тот факт, что некоторые винты могут вести себя по-хитрому, и режим Master на них сильно отличается от режима Alone. Например этим страдают все Western Digital'ы. Если воткнуть джампер в режим Master и при этом не подключать слейв, винт будет страшно долго инициализироваться и сильно тормозить при работе. В режиме Alone работает автодетект слейва (он может присутствовать или отсутствовать, все будет работать в обоих случаях).
Старые устройства вообще отличаются повышенным уровнем странностей и несовместимости друг с другом.