Я так понимаю, что слабоуловимая разница в MS-DOS и TR-DOS заключается в самой структуре фаловой системы (читай - отсутствии директорий и необходимости уплотнять дискету) - отсюда все и неудобства. Ну и минус еще - 128 файлов всего на тыр-досе.
Если +3DOS похожа в этом на MS-DOS, то еще можно разговаривать о за и против. А если нет, то о чем вообще разговор?..