Полагаю, без маски вполне можно обойтись. Не такой там плотный монтаж.
Разъемы можно поставить и более современные. В данном случае удобство поважнее аутентичности.
Контроллер PC-шной клавы если и делать, то такой, который бы распаивался по желанию. Лично я предпочту собирать его с родной клавиатурой.
Контроллер дисковода... Вещь, конечно хорошая, но на родную схему нет ПО и найти его пока не получается. А если мудрить с нуля, так лучше сразу ориентироваться на CF, или SD - это сейчас практичнее.
