а под дип корпус нужно ли изменять прошивку?
Вроде бы нет (ADC6 и ADC7 не используется).

и заменить атмега88 на атмега32?
Можно при условии коррекции прошивки (частота, порты и пр.) Никаких специфических особенностей mega88 не используется. Просто я их люблю и у меня их много