Сбой происходит если при чтении командой Read Track
встречались определенные комбинации 1 и 0


С64, у дисковода 1541 судя по описанию последовательный
интерфейс (RS232 ??) тогда наверно в него уже встроен контроллер
типа ВГ93.

У нас на одном станке стоит дисковод 3,5 с контроллером на процессоре
Моторола 6500 с контроллером FDC с ПЗУ, ОЗУ с микросхемой
последовательного интерфейса.
Можно было на дисководе галетниками выбрать номер программы
нажать кнопку и программа передавалась в станок через UART.

Если так, то зная протокол обмена такой дисковод
легче подключить к PC и через терминалку можно попробовать
управлять.

А в каком формате дискеты пишутся? это надо
знать что в дисководе стоит.