ATMEGA 32, как и любая мега, прошивается довольно просто - найдите в гугле сайт программы PonyProg, и следуйте инструкциям. Там есть и сама программа, и схема кабеля. Будут вопросы - пишите, я мегой занимался лет 6 назад, опыт есть.

Уверен, что для остальных микросхем энтузиастами создан подобный софт, надо только поискать.